1. 石之戰爭 開始

千空持續努力發展石之世界，這次做了「太空食品」，其實就是杯麵。千空完成工作後，幻頓悟了某件事，想出以非暴力的方式擊倒司軍的計畫。

2. 熱線

儘管千空的聲東擊西行動替幻等人爭取了時間，但焰很快就發現事有蹊蹺。

3. 來自死者的電話

聽到千空的聲音後，大樹和杠熱淚盈眶，千空也告訴他們無血開城的計畫。

4. 全軍出擊

阿鉻和岩漿與羽京奮鬥，千空則忙著打造一項發明；一線新希望。

5. 蒸氣大猩猩號

汽車的最後加工完成，並被用來將科學工具運送到靠近司帝國的懸崖要塞。汽車在那裡升級為戰車，但救援團隊不知道司帝國已做了對抗車輛攻擊的準備。

6. 越獄

阿鉻必須運用他所有的科學知識逃獄並拯救千空等人。

7. 極機密任務

阿鉻回到科學王國的基地，首次目睹了蒸氣大猩猩號。同時，幻靠著同伴的幫助以及莉莉安偽音成功讓更多司帝國成員倒戈。

8. 最終決戰

爭奪奇蹟洞穴的最終決戰在千空與科學王國對洞穴進行正面進攻之時開始。

9. 破壞者 拯救者

司和冰月前來奪取奇蹟洞穴。科學王國必須替千空和阿鉻爭取時間扭轉情勢，否則一切都完了。

10. 人類最強搭檔

科學王國和司帝國停戰。一切看似安然無事，但科學王國的一些炸藥不見了。

11. Dr.STONE的序章

科學王國獲勝，但千空的工作尚未完成。千空必須運用他所有的知識來治療受重傷的司。