1. 石之戰爭 開始

千空持续努力发展石之世界，这次做了「太空食品」，其实就是杯面。千空完成工作后，幻顿悟了某件事，想出以非暴力的方式击倒司军的计划。

2. 熱線

尽管千空的声东击西行动替幻等人争取了时间，但焰很快就发现事有蹊跷。

3. 來自死者的電話

听到千空的声音后，大树和杠热泪盈眶，千空也告诉他们无血开城的计划。

4. 全軍出擊

阿铬和岩浆与羽京奋斗，千空则忙着打造一项发明；一线新希望。

5. 蒸氣大猩猩號

汽车的最后加工完成，并被用来将科学工具运送到靠近司帝国的悬崖要塞。汽车在那里升级为战车，但救援团队不知道司帝国已做了对抗车辆攻击的准备。

6. 越獄

阿铬必须运用他所有的科学知识逃狱并拯救千空等人。

7. 極機密任務

阿铬回到科学王国的基地，首次目睹了蒸气大猩猩号。同时，幻靠着同伴的帮助以及莉莉安伪音成功让更多司帝国成员倒戈。

8. 最終決戰

争夺奇迹洞穴的最终决战在千空与科学王国对洞穴进行正面进攻之时开始。

9. 破壞者 拯救者

司和冰月前来夺取奇迹洞穴。科学王国必须替千空和阿铬争取时间扭转情势，否则一切都完了。

10. 人類最強搭檔

科学王国和司帝国停战。一切看似安然无事，但科学王国的一些炸药不见了。

11. Dr.STONE的序章

科学王国获胜，但千空的工作尚未完成。千空必须运用他所有的知识来治疗受重伤的司。